Минеральные ресурсы Республики Алтай очень разнообразны по видам полезных ископаемых. Здесь выявлены уникальные по запасам месторождения редких металлов. Оценены с различной детальностью ряд месторождений цветных и драгоценных металлов. Разведаны и подготовлены к эксплуатации месторождения мраморов, гранитов, железа, каменного и бурого угля. В стадии изучения находятся месторождения волластонита, гипса, разнообразных минеральных пигментов, минеральных и лечебно-столовых вод, лечебных грязей.
Среди полезных ископаемых Горного Алтая наибольшее значение имеет золото. Затем идут редкие металлы - вольфрам, молибден, висмут, кобальт, литий, тантал, ртуть. В последние годы обнаружены перспективные месторождения серебра совместно с богатым набором цветных и редких металлов.
Золото известно на территории Горного Алтая с глубокой древности, что нашло свое отражение в самом названии этой страны, происходящем от древне-тюркского "алт" - золото. Наиболее крупным коренным месторождением золота является Синюхинское золото-медное на Бийско-Кагунском водоразделе в Чойском районе. Это месторождение с начала 50-х годов успешно разрабатывается рудником "Веселый". Рудник "Веселый" дает более 90% годовой добычи золота Республики Алтай. Остальная часть добывается из немногочисленных и уже истощенных длительной отработкой россыпей бассейна р. Лебедь - правого притока р. Бии.
Синюхинское месторождение представлено сложной формы залежами, погружающимися до глубины 500 и более метров. Руды богатые и легкообогатимые. Несмотря на сорокалетний опыт эксплуатации, Синюхинское месторождение до сих пор разведано не до конца и его перспективы окончательно не выяснены. Площадь месторождения, очерченная по известным к настоящему времени рудным участкам, составляет не менее 10 кв. км.
Резерв запасов категории С2 - 19,6 т золота, категории Р1- 46 т (из них 8 т на глубине до 300 м), Р2 + РЗ - 50-70 тонн.
Кроме Синюхинского месторождения резервом сырьевой базы рудника "Веселый" можно считать Ишинскую площадь, Чойское рудное поле, Майско-Лебедскую зону.
Наиболее перспективной по рудному золоту представляется самая северная часть Горного Алтая. Кроме Майского месторождения, в северной части Турочакского района целесообразно возобновление геологоразведочных работ на Андобинском, Чанышском, Водораздельно-Майском, Семеновском и раде других участков северной части обширного рудного поля. Это один из наиболее богатых в прошлом золоторудных узлов всей Западной Сибири.
В Центральных районах Горного Алтая с середины 19 века известна, но до сих пор не изучена золотоносность в Семинском хребте и в долине р. Чуи. Многочисленные проявления рудного, и отчасти россыпного золота, по р. Таре, в верховьях р. Елангаш и р. Себестей (Южно-Чуйский хребет) до сих пор должным образом не разведаны. На этом фоне более известным и получившим положительную прогнозную оценку является золоторудное проявление Тошан.

Серебро. В начале 80-х годов в Юго-восточном Алтае (с продолжением в Монголию) были открыты месторождения комплексных серебро-висмут-сурьмяных руд, которые можно считать аналогами известных в мире месторождений серебра - Айдахо в США, Рудных гор в Саксонии, Спишско-Гемерского рудогорья.
Серебро-сурьмяное оруденение структурно связано с Делюно-Юстыдским прогибом. Распределение серебряного оруденения носит здесь выраженный узловой характер, выделяются два рудных узла: Юстыдский и Толбонурский. Главные компоненты руд - серебро, висмут и сурьма, отмечаются повышенные содержания ртути и золота.
Основное месторождение серебра - Озерное. Оно расположено в 70 км от с. Кош-Агач у истоков р. Юстыд в осевой части хребта Чихачева с абсолютными отметками 2500-3000 м. Выявлено около 20 рудных столбов мощностью 0.1-2.5 м длиной 100-200 м (наиболее изученное 1-ое рудное тело имеет длину 450 м). Содержание основных компонентов: серебро - от 100 до 2000 г/т, свинец - от 0.01 до 0.06 %, медь - от 0.26 до 7.5%, висмут - от 0.01 до 0.6 %, сурьма -16%.
На юго-востоке Горного Алтая, в основном в Кошагачском районе, сосредоточены месторождения редких металлов: ртути, вольфрама, молибдена, известные с 40-х и 50-х годов. Кроме того, здесь находятся месторождения лития, тантала, кобальта, открытые в последние десятилетия и еще недостаточно изученные.
Ртуть, начиная с 40-х годов и до 80-х, считалась основным полезным ископаемым Горного Алтая. Здесь со времен Великой Отечественной войны действовал Акташский рудник, на котором за 30 лет было добыто более 3000 т ртути. В начале 90-х годов добыча руды прекращена и ртутный завод перешел на переработку вторичного сырья.
Курайская ртутная зона имеет протяженность около 100 км в направлении Чуйского тракта. Ширина зоны 6-8 км, в ее пределах насчитывается более 100 ртутных проявлений, среди них два промышленных месторождения - Акташское и Чаган-Узунское, и более десятка мелких месторождений.
Каракульское золото-висмут-кобальтовое месторождение расположено в 80 км от поселка Кош-Агач в непосредственной близости от Российско-Монгольской границы и месторождения Озерного. Район месторождения - высокогорный, абсолютные отметки до 2700 м. Разведочные работы проводились в 80-х и 90-х годах. Пройдено 3000 м подземных горных выработок, канав и разведочных скважин с поверхности.
Запасы месторождения уникальны. Руды сложного минерального состава, окислены с поверхности до глубины 50-60 м. Среднее содержание металлов в кондиционных рудах: кобальта - 0.23%, висмута - 0.15%, меди - 0.32%, триоксида вольфрама - 0.055%.
На юго-востоке Алтая известны и другие проявления кобальта, подобные Каракульскому месторождению.
Калгутинское месторождение, уникальное по содержанию вольфрама в руде (около 2%), разведывалось в 1944 -1954 гг. Месторождение расположено в 100 км к югу от Кош-Агача по грунтовой дороге. Рудное поле имеет размеры около 3 кв. км. Кроме вольфрама и молибдена в последние годы на Калгутинском месторождении в радиусе 5 км выявлены запасы цезия и бериллия. Попутно можно получать литий, рубидий, соду.
Для промышленного освоения в настоящее время можно считать подготовленными запасы в объеме 700 тыс. тонн кварцево-жильной руды. Примерно 1/4 часть запасов может быть отработана штольнями, остальное - шахтой. Нерешенной проблемой остается выбор способа и систем разработки ввиду разрозненности и небольших размеров рудных тел.

Алахинское месторождение - одно из крупнейших литиевых месторождений Сибири. Прогнозные запасы его оцениваются в 68 млн. т руды со средним содержанием сподумена 5%, то есть приблизительно 3,4 млн. т сподуменового концентрата или 448 тыс. т Li2O. Наряду со сподуменовым из руд можно извлекать танталовый, слюдяной, полевошпатовый концентраты.
Расположено это месторождение в истоках реки Караалахи, вблизи границы с Казахстаном. Рельеф - резкорасчлененный, с абсолютными отметками высот 2000 - 3200 м. Отметка месторождения 2250 - 2700 м. Транспортное сообщение отсутствует, за исключением заброшенной грунтовой дороги, соединяющей пос. Усть-Чиндагатуй с законсервированным рудником Чиндагатуй в 5 км южнее Алахинского месторождения. Ближайший жилой пункт - рудник Калгуты в 100 км к востоку, из них 75 км - полевая дорога.
Наиболее крупное известное железорудное месторождение - Холзунское - находится в Западном Алтае в безлесной высокогорной части хребта Холзун с отметками 1700-2000 м в истоках р. Коксу. Часть разведанного рудного поля лежит на территории Казахстана. В 50 км к западу и в 60 км к югу находятся железнодорожные станции Лениногорск и Зыряновск. Существуют проект отработки с вывозом сырья через Лениногорск. Утверждены запасы магнетитовых легкообогатимых руд по категориям C1+C2 - 680 млн.тн до глубины 1000 м с содержанием Fe - 30%, S - 0.7%.
Коксинское месторождение расположено на западном таежном склоне Коксинского хребта в 30-35 км северо-западнее Холзунского месторождения в 60 км от г. Лениногорска. Вблизи проходит лесовозная дорога с твердым покрытием. Прогнозные запасы руды до глубины 1000 м по геолого-геофизическим оценкам составляют 200 млн. т. Низкое содержание железа и маломощный характер месторождения при большой его протяженности практически исключают отработку месторождения в современных условиях.
Тимофеевское месторождение расположено в Западной части Алтая в верхнем течении р. Чарыш. Месторождение удалено от пос. Владимировка на 7 км, а от райцентра Усть-Кан - на 44 км по твердой автодороге. Запасы до глубины 500 м оценены в 50-100 млн. т, из которых не менее 1/3 - богатые руды с содержанием железа - 57-63%.
В Горном Алтае существует месторождение марганцевых руд расположенное в водораздельной части Холзунского хребта на высоте около 1800 м в 12 км к северо-западу от Холзунского железорудного месторождения. Прогнозные ресурсы этого месторождения до глубины 500 м составляют более 20-25 млн. т марганцевой руды.
Талды-Дюргунское месторождение бурого угля расположено в 5 км к юго-западу от с.Чаган-Узун, через которое проходит трасса Новосибирск-Бийск-Ташанта. Вскрыто по мощности три кондиционных пласта. Удельная теплота сгорания данного угля составляет 6630 ккал/кг. Предварительно разведаны запасы в размере около 50-55 млн. т, прогнозные ресурсы - не менее 100 млн. тонн. Расчетная глубина карьера 14-100 м.
Пыжинское месторождение расположено в Турочакском районе, на 50 км южнее с. Иогач и связано с ним дорогой с твердым гравийным покрытием. Далее до г. Горно-Алтайска проходит улучшенная автодорога 120 км. Детально разведаны и утверждены запасы в 4.5 млн. т.
Это прежде всего сырье для производства строительных материалов (мрамор, граниты, базальты и другие виды пород), широко распространенные в Горном Алтае. Наиболее разведаны и частично разрабатываются месторождения мраморов и гранита. Высокое качество и большие запасы позволяют рассматривать этот вид сырья как очень перспективный для горнодобывающей промышленности Республики Алтай.
Среди полезных ископаемых многоцелевого назначения на первое место выдвигается нетрадиционное волластонитовое сырье. На территории республики расположено Лебедское и Синюхинское месторождения волластонита с крупными запасами и уникальной длиной волокна. Значительная часть руды не нуждается в особой очистке. Уже непосредственно после добычи и измельчения может быть применена в многих отраслях народного хозяйства (производство специальной радиокерамики, фаянса, фарфора, санитарных изделий, специальных фильтров, защитных покрытий, красок и т.д.).
Еще один перспективный вид сырья - мелкочешуйчатая разновидность гематита - спекулярит. Спекулярит является сырьем для производства особо прочных красок. На территории республики предварительно разведано среднее по запасам месторождение "Рудный Лог".
Кроме того, на территории республики известны месторождения охристых глин (пригодны для производства красок), гипса и минеральных солей, облицовочных и поделочных камней: яшма, порфиры горного хрусталя и т.д., флюорит, асбест, мусковит, полишпатовое сырья и многое другое.